Простейшие с организацией жгутиконосцев(Mastigophora)

ТИП МНОГОЖГУТИКОВЫЕ (Polymastigota)

Класс РЕТОРТОМОНАДОВЫЕ (Retortamonada)

Класс ДИПЛОМОНАДОВЫЕ (Diplomonada)

Класс ОКСИМОНАДОВЫЕ (Oxymonada)

Класс ПАРАБАЗАЛИЕВЫЕ (Parabasalea)

ТИП ЭВГЛЕНОЗОИ (Euglenozoa)

Класс ЭВГЛЕНОВЫЕ (Euglenida)

Класс КИНЕТОПЛАСТОВЫЕ (Kinetoplastida)

ТИП КРИПТОМОНАДЫ (Cryptomonada)

ТИП ЗОЛОТИСТЫЕ ЖГУТИКОНОСЦЫ (Chrysomonada)

ТИП ОПАЛИНОВЫЕ (Opalinomonada)

Класс ПРОТЕРОМОНАДЫ (Proteromonada)

Класс ОПАЛИНЫ (Opalinata)

ТИП САПРОЛЕГНИЕВЫЕ (Saprolegnioidea)

Класс ООМИЦЕТЫ (Oomycetes)

Класс ГИФОХИТРИДИОМИЦЕТЫ (Hyphochytridiomycetes)

ТИП ЛАБИРИНТУЛЕВЫЕ (Labyrinthulea)

ТИП ПАНЦИРНЫЕ ЖГУТИКОНОСЦЫ (Dinomonada)

ТИП ЗЕЛЕНЫЕ ЖГУТИКОНОСЦЫ (Chloromonada)

ТИП ВОРОТНИЧКОВЫЕ (Choanomonada)

ТИП ХИТРИДИЕВЫЕ (Chytridiomycota)

Простейшие с организацией корненожек (Rhizopoda)

ТИП ЛОБОЗНЫЕ (Lobosea)

Класс ГОЛЫЕ ЛОБОЗНЫЕ АМЕБЫ (Gymnamoeba)

Класс РАКОВИННЫЕ ЛОБОЗНЫЕ АМЕБЫ (Testacealobosea)

ТИП ГЕТЕРОЛОБОЗНЫЕ (Heterolobosae)

Класс ШИЗОПИРЕНИДЫ (Schizopyrenida)

Класс АКРАЗИЕВЫЕ (Acrasea)

ТИП АРХАМЕБЫ (Archamoeba)

ТИП МИЦЕТОЗОА (Mycetozoa)

Класс БЕЗРАКОВИННЫЕ ФИЛОЗНЫЕ АМЕБЫ (Aconchulofilosea)

Класс ПРОТОСТЕЛИЕВЫЕ (Protostelea)

Класс ДИКТИОСТЕЛИЕВЫЕ (Dictyostelea)

Класс НАСТОЯЩИЕ МИКСОМИЦЕТЫ (Eumycetozoa)

ТИП ЦЕРКОЗОА (Cercozoa)

Класс ЦЕРКОМОНАДЫ (Cercomonada)

Класс РАКОВИННЫЕ ФИЛОЗНЫЕ АМЕБЫ (Testaceafilosea)

Класс РЕТИКУЛОФИЛОЗНЫЕ (Reticulofilosea)

ТИП ФОРАМИНИФЕРЫ (Foraminifera)

Класс АСТРОРИЗОВЫЕ (Astrorhizata)

Класс СПИРИЛЛИНЕВЫЕ (Spirullinata)

Класс МИЛИОЛИЕВЫЕ (Miliolata)

Класс НОДОЗАРИЕВЫЕ (Nodosariata)

Класс РОТАЛИЕВЫЕ (Rotaliata)

Класс ГЛОБИГЕРИНОВЫЕ (Globigerinata)

ТИП КСЕНОФИОФОРЕИ (Xenophyophorea)

Лучистые простейшие (Actinopoda)

ТИП ЛУЧЕВИКИ (Radiolaria)

Класс ПОЛИЦИСТИНЕЕВЫЕ (Polycystinea)

Класс ФЕОДАРИЕВЫЕ (Phaeodaria)

ТИП АКАНТАРИИ (Acantharea)

ТИП ТАКСОПОДЫ (Taxopoda)

ТИП СОЛНЕЧНИКИ (Heliozoa)

Класс АКТИНОФРИИДЫ (Actinophryida)

Класс ДЕСМОТОРАЦИДЫ (Desmothoracida)

Класс ЦИЛИОФРИИДЫ (Ciliophryida)

Класс ЦЕНТРОХЕЛИДЫ (Centrochelida)

Альвеолятные простейшие (Alveolata)

ТИП АПИКОМПЛЕКСОВЫЕ (Apicomplexa)

ПОДТИП ПЕРКИНСООБРАЗНЫЕ (Perkinsemorpha)

Класс КОЛПОДЕЛЛИДЫ (Colpodellida)

Класс ПЕРКИНСОВЫЕ (Perkinsida)

ПОДТИП СПОРОВИКИ (Sporozoa)

Класс ГРЕГАРИНЫ (Gregarinina)

Класс КОКЦИДИЕОБРАЗНЫЕ (Coccidiomorpha)

Отряд Eimeriida

Отряд Haemosporidia

Отряд Piroplasmida

ТИП РЕСНИЧНЫЕ ИЛИ ИНФУЗОРИИ (Ciliophora)

Класс КАРИОРЕЛИКТОВЫЕ (Karyorelicta)

Класс РАЗНОРЕСНИЧНЫЕ (Heterotricha)

Класс СПИРАЛЬНОРЕСНИЧНЫЕ (Spirotricha)

Класс ЛИТОСТОМАТОВЫЕ (Lithostomata)

Класс ХОНОТРИХА (Chonotricha)

Класс СОСУЩИЕ (Suctoria)

Класс КОЛПОДОВЫЕ (Colpodida)

Класс ПРОСТОМОВЫЕ (Prostomata)

Класс ОЛИГОГИМЕНОФОРОВЫЕ (Oligogymenophorea)

Класс БЕЗРОТЫЕ (Astomata)

Отдельные группы простейших

ТИП МИКРОСПОРИДИИ (Microsporidia)

ТИП МИКСОСПОРИДИИ (Myxozoa